经过正确配置的现代防火墙可以阻挡绝大多数已知的病毒邮件和攻击代码。虽然阻挡未知的病毒和攻击要困难得多，但是经过合理的策略设置通常是有效的。正确设置策略的基础是企业用户对于自身业务需求的正确理解，例如，多数企业的用户通常是没有必要通过邮件来传递可执行文件和Visual Basic脚本代码的。用户可以通过阻断含有这类可执行附件的邮件来

为了对抗应用层（OSI网络模型的第七层）的攻击，防火墙必须具备应用层的过滤能力，一些防火墙产品已经具备了这种能力。