完整性分析主要关注某个文件或对象是否被更改，包括文件和目录的内容及属性，它在发现被更改的、被特络伊化的应用程序方面特别有效。完整性分析利用强有力的加密机制，称为消息摘要函数（例如MD5），能识别极其微小的变化。其优点是不管模式匹配方法和统计分析方法能否发现入侵，只要是成功的攻击导致了文件或其他对象的任何改变，它都能够发现。缺点是一般以批处理方式实现，不用于实时响应。

在攻防对抗条件下，对于不同类型和不同程度的攻击，攻击者想取得的效果并不相同，即攻击者对IDS的OODA环的预期影响程度、方式不同。按照攻击的效果，总体上可以将IDS面临的威胁分为四类。

攻击者最为常用的IP选项就是严格源路由(strict source routed)选项。一般情况下，如果自己的地址没有出现在IP分组的源路由表中，系统就会丢弃收到的IP分组。有些系统可以配置为自动丢弃包含严格源路由选项的IP分组。这就给IDS的处理带来了很大的困难。